La población de Istmina se estima en 36.717 habitantes para el año 2026, siendo el segundo municipio más poblado del Chocó y el principal centro urbano de la subregión del San Juan. Está integrada mayoritariamente por comunidades afrodescendientes (81,6%) e indígenas, con una estructura demográfica joven donde cerca del 40% de sus habitantes es menor de 18 años.