La Laguna de Fúquene es un cuerpo de agua dulce de origen tectónico ubicado en la cuenca del río Ubaté y Suárez, entre los departamentos de Cundinamarca y Boyacá. Limita con los municipios de Simijaca, Susa, Fúquene y Guachetá en Cundinamarca y con Ráquira y San Miguel de Sema, departamento de Boyacá.

La Laguna de Fúquene es un cuerpo de agua dulce de origen tectónico ubicado en la cuenca del río Ubaté y Suárez, al nororiente de la jurisdicción CAR, entre los departamentos de Cundinamarca y Boyacá. Limita con los municipios de Simijaca, Susa, Fúquene y Guachetá en Cundinamarca y con Ráquira y San Miguel de Sema, departamento de Boyacá.

Este ecosistema es uno de los más importantes del país, ya que abastece del recurso hídrico en actividades domésticas, agropecuarias e industriales a cerca de 650.000 habitantes; además es hábitat de varias especies migratorias y endémicas y brinda bienes y servicios ambientales a los habitantes de la región.

A través de los años se ha venido degradando seriamente la calidad ambiental debido a la implementación de políticas estatales dirigidas a la desecación de humedales durante en el siglo XIX y parte del XX. Así mismo, el desarrollo de actividades antrópicas y poco sostenibles, han alterado los componentes agua, flora y fauna, llevando a la disminución de su vaso lagunar, pasando de un área aproximada de 12.000 ha a tan sólo 471 ha en los últimos 200 años.

En tiempos prehispánicos, la Laguna constituyó un lugar sagrado para las tribus indígenas asentadas; su nombre en chibcha se descompone de «Fu» que significa zorra, y «quene» que significa lecho, lo que se traduciría como el lecho de la zorra.

La laguna está dividida en tres cuencas así:

Cuenca alta:

La parte alta está conformada al sur desde el nacimiento del río Ubaté, uniéndose aguas abajo con otras aguas tributarias como las de los ríos Suta y Lenguazaque, y drenajes provenientes de las Lagunas de Cucunubá y Palacio, hasta descargar al norte, en la Laguna de Fúquene.

Cuenca Media:

La cuenca media corresponde a la laguna de Fúquene en sí, donde recibe al oriente numerosos afluentes secundarios que drenan directamente a la laguna como las quebradas Honda y Monroy. Al occidente el río Fúquene, y descargas directas compuestas por corrientes superficiales y canales de drenaje. Gran parte de la Laguna de Fúquene se encuentra bordeada por un canal perimetral que captura un alto porcentaje de los afluentes naturales drenados directamente al río Suárez, sin permitir su ingreso directo a la Laguna.

Cuenca baja:

La parte baja está conformada por el río Suárez, el único efluente de la laguna. Este río fluye hacia el norte sobre un cauce de muy baja pendiente, cruzando por los municipios de Chiquinquirá y Saboyá en el departamento de Boyacá.

Municipios donde la Laguna de Fúquene tiene influencia

Ubaté,Tausa,Sutatausa,Cucunubá,Suesca.Villapinzón,Lenguazaque,Guachetá,Fúquene,Susa,Simijaca,San Miguel de Sema,Ráquira,Caldas,Chiquinquirá,  Saboyan y Carmen de Carupa